Организована в Институте геохимии и геофизики АН БССР в 1986 г. в результате объединения лаборатории гидрогеологии (1971–1986 гг., руководитель д-р г.-м.н. М.Ф. Козлов) и лаборатории геохимии и гидрогеохимии нефтегазоносных формаций (1978– 1986 гг., руководитель д.г.-м.н. А.В. Кудельский). В 2008 г. лаборатория переведена в Институт природопользования НАН Беларуси.

В настоящее время в лаборатории работают 1 доктор наук, 1 кандидат наук и 4 специалиста без ученой степени.